да, есть такой глюк. для того , что бы работало надо запустить 1 экземпляр ардуино, и так же, с рабочего стола или из меню запустить 2-ой, тогда будет возможность у каждого экземпляра установить свой ком порт. если же из 1-го экземпляра программы делать новый проект, то ком порт у этих проектов будет меняться "хором"