1) По поводу 3-ногого кварца. Судя по плате - это просто экранировка корпуса, т.к. на плате есть конденсаторы по пути сигнальных выводов кварца.
2) Посмотри как правильно разводить шину данных USB. Если она работает по медленному протоколу (USB1.0, возможно и USB1.1) то особо пофигу. Но если работает по USB2.0, то с такой разводкой будут приключения. Во-первых, это дифпара, и ее нельзя просто так пустить двумя разными дорожками абы-как, ее нужно разводить именно как дифпару с соответствующей шириной дорожек и расстоянием между ними, а в некоторых случаях еще и учитывать длину каждой дорожки. Во-вторых, ее нельзя пускать в два разных конца, как на этой плате: на один и на другой разъем. Если в EasyEDA нет инструментов для разводки дифпар, то вручную это будет сделать проблематично.