Есть контроллеры в которых реализован USB нативно, есть те в которых работа с USB реализуется программно и работает только после того как контроллер уже прошит загрузчиком, который работат с USB.
Под "нативно" обычно понимают "аппаратно", без всяких программных выкрутасов и внешних UART-USB преобразователей. Например любая STM32 (на счет младшей серии F0 не уверен) имеют аппаратный USB, к тому же F4-серия может прошиваться через него без всяких программаторов.
ESP32-S3 вроде как тоже имеет аппаратный USB, не уверен что через него может прошиваться, с ним пока не работал. Но учитывая по информации что у него по USB имеет режим отладки, то думаю что и прошиваться может.
RP2040 тоже имеет аппаратный USB. В том числе имеет загрузчик через который может прошиваться без программатора. Прошивка у него суперлегкая: видится как съемный диск, тупо копируется на него прошивка. При всех плюсах, RP2040 имеет один огромный недостаток, который почти наверняка оттолкнет его использование на проде, это отсутствие шифрования и защиты прошивки, его не предусмотрено от слова совсем. Но для самоделок и обучения это очень хороший, и главное дешевый вариант.