Статья про Wavgat поделки. Если у Вас истинный Atmel, то она конечно же не в тему.
Скорость на мониторе ИДЕ и скорость в операции Serial.begin() должны выставляться одинаково. Если у Вас так не работает монитор, то .. ни разу не сталкивался, но вполне допускаю что тактирование Ардуино выставлено не верно.
Найдите проект MegaCore на гитхабе .. там есть отдельная настройка компиляции на частоту .. только вот не помню, есть ли в нем конкретно 328 камень с такой настройкой. Мега128 была, помню (сам пользовал).
.. как-то так. Может кто ещё что подскажет.
P.S. Можно попытаться перешить загрузчик. Arduino as ISP Вам в помощь, если есть ещё одна дунька.