@Сергей Эл,
С секундами проблем быть не должно, отредактируйте файл boards.txt - посмотрите этот файл.
Для начала проще отредактировать существующую секцию. build.f_cpu=25000000L
nano.menu.clock.external_20=External 20 MHz
nano.menu.clock.external_20.fuses.CKDIV8=1
nano.menu.clock.external_20.fuses.CKSEL=111111
nano.menu.clock.external_20.build.f_cpu=20000000L
nano.menu.clock.external_20.bootloader.suffix=atmega328
nano.menu.clock.external_20.upload.speed={speeds.US16MHZ}
Может быть получится добиться работы бутлоадера подбором speeds.US16MHZ, может быть придется программировать только через ISP. Исходников бутлоладера в ядре я не нашел, так что наверняка сказать не могу.