Вариантов масса. Например :
1) сделать 2 таймера. один на 3 секунды. по срабатыванию он выключается и включается таймер на 1 секунду. Секундный будет выключать себя и включат 3-х секунднывй.
2) Во время срабатвания таймера менять его интервал, елси был 3 сделать 1 и наоборот
3) Сделать таймер на 1 секунду и увеличивать какой нибудь счетчик. При достижении 3-х включать диод, 4-х выключать и сбрасывать таймер
4) Два таймера с интервалом в 4 секунды, 1-ый включает светодиод, второй выключает. Запуск 2-го таймера с задержкой 1 сек. от 1-го.