поменяли кварц, а прошивку под него не поменяли
причём здесь прошивка? Часы идут отдельно от процессора, в этом и смысл часов реального времени. Но идут они неверно, значит базовая частота, задаваемая кварцем, не совпадает с требуемой. Возможно кварц бракованный, конденсаторы компенсации для него не соответствуют требованиям, либо есть наводки с соседних дорожек, либо... можно долго перечислять. И компенсировать это в прошивке либо невозможно, либо непросто.
Даже если есть open-source проект, никогда нельзя быть уверенным в том, что прошивка не изменена или адаптирована.
По сути - согласен с
@Bruzzer, нужно подключить что-то к модулю времени и посмотреть, правильно ли он работает, а потом уже искать пути решения проблемы.