@Патрушев Артём, в библиотеке для модуля DS3231 (по-моему она та же, что и для модуля DS1307) есть 2 типа установки времени:
1. В коде вручную прописываешь часы минуты, секунды и т.д. и прошиваешь
2. Прошивается дата и время с часов в винде, для этого какая-то команда есть, точно не помню
Теоретически можно команду из пункта 2 использовать. При подключении через USB Ардуина включится, перезагрузится и перепрошьет модуль часов.