@Skrafy,
Хороший ответ был бы от человека решавшего такую же проблему. Я такого не делал, и не искал, но наверняка в инете это есть.
Мое дилетантское мнение
100 % защиту ничто не обеспечит.
Наверняка есть дорогие, правильные промышленные решения и исследования, находящиеся поиском.
Без вашей схемы с длинами проводников и способу подключения, возможны только общие рекомендации из интернета. Например, статей по защите медных линий роутеров, и в целом сетевого оборудования, есть много и на любой вкус.
Есть простые решения, увеличивающие устойчивость к помехам в целом. Уменьшение длины проводников и их защита.
Так же, чтобы защищать - надо выбрать, что защищать - сигнальные цепи или цепь питания. Если возможно, то полезно выяснить, какая линия вызвала неисправность в вашем случае.
Возможно стоимость защиты "правильным" способом будет экономически не целесообразна, учитывая стоимость "ардуины".