@Mikhail1302, опорное напряжение, про которое Вы говорите - это максимальное напряжение, оцифровываемое АЦП микропроцессора, к смещению на входе для сигнала это не относится никак.
Амплитуда напряжения с линейного выхода аудиокарты легко можно превышать 3В. Не стоит сравнивать с подключением наушников, так как сопротивление наушников существенно ниже входного сопротивления анализатора.
Обработка у Гайвера предполагает половину сигнала (и удвоение частоты из-за этого), поэтому, вероятно, что с полным сигналом она будет работать некорректно.
Добавка: можно ускорить АЦП за счёт снижения точности. Надо использовать прямое программирование через регистры, желательно с подключением прерывания по окончании обработки.