@Alex-Fox., D2 и соответствующий резистор оставьте в покое. Если не применяете "оригинальный Гайверовский скетч", то высокое напряжение от модуля DS3231 вообще не зависит.
Какое напряжение на высоковольтном конденсаторе? Что ещё работает/не работает (подсветка, например)?
Какое напряжение на высоковольтном конденсаторе? Что ещё работает/не работает (подсветка, например)?