Как оно может пульсировать, если его сглаживает выходной конденсатор?Дело в том, что частота ШИМ - 31кГц и напряжение в любом случае изменяется (пульсирует) с этой частотой.
Как уже писал, без использования обратной связи для обеспечения стабилизации увеличение емкости только снизит эффект, да и то не факт что снизит.и даже увеличение в 2 раза ёмкости конденсатора поможет практически полностью эффект убрать
Как вариант, в прошивке автоматически корректировать шим во время включения и выключения неонки. Но лучше отказаться от использования генерации в МК шим для повышающего преобразователя и собрать его на специализированной микросхеме, коих достаточно много со всякими наворотами внутри.