Фактическая схема включения светодиодов зависит от многих составляющих и единой "правильной" схемы нет. В большинстве случаев ориентируются на самую простую конструкцию, выполняющую возложенные на неё функции.
Параллельное включение светодиодов напрямую не рекомендуется (и, с моей точки зрения, является примером плохой схемотехники) по причине того, что ВАХ светодиода (как и любого другого диода), смещенного в прямом направлении на рабочем участке характеристики, резко нелинейна и может рассматриваться как шунт-стабилизатор напряжения. Параллельные светодиоды (ветки последовательно соединённых светодиодов) должны иметь индивидуальные токоограничивающие элементы. В ваших схемах это - резисторы, более профессиональный подход - токовые драйверы.
Транзистор в данном применении необходим только в том случае, если возможностей управляющего вывода (Ардуино, в частности, допустимого тока) не хватает для достижения нужного режима работы светодиодов. Как уже говорилось ранее, транзистор может быть заменён драйвером. В данном случае необходимые свойства обеспечиваются пином Ардуино.
Таким образом, я считаю, что актуальная схема включения была выбрана по принципу "и так сойдёт" и подтверждена тем, что "работает, ну и ладно". Частично этот выбор смягчается тем, что используется ШИМ, светодиоды сложно оценить по яркости, так как они спрятаны (подсветка) и яркость их невысока. Однако, это не означает, что так будет во всех имплементациях.
Вопрос "тусклости" неоднозначен. Есть вероятность, что светодиоды плохого качества или использовались на неподходящих токах (особенно, если это какие-нибудь малогабаритные светодиоды). Но более вероятны внешние причины: просадка напряжения питания или увеличившиеся пульсации (блок питания, контакты в разъёмах, высохшие конденсаторы...), утечки/пробои, замыкания.