@Artemka__3, оптрон здесь ни при чём. Снимите верхнюю плату и померяйте в режиме мегаомов сопротивление между катодами проблемных цифр (3, 5, 6). Должно стремиться к бесконечности.
С тройкой - нужно также посмотреть, нет ли где замыкания с анодами или с каким-либо другим высоким потенциалом.
@Exponat86, невнимательно прочитал: используется прошивка Гайвера? Тогда там индикации ошибок нет, я неверно сказал ранее.
В прошивке Гайвера часы идут по собственному внутреннему таймеру микропроцессора и периодически (сейчас не вспомню, 10, 15, 30 минут) устанавливают время из модуля часов. Очевидно скачки времени вызваны именно этими синхронизациями. Значит:
1) либо модуль времени дурит (уточните, при первом включении время устанавливается нормально?),
2) либо с его питанием что-то не так (можно попробовать поставить конденсатор параллельно VCC-GND прямо на модуле, 0,1мкФ должно быть достаточно, но я предпочитаю ставить два - электролит 100мкФ и ему впараллель - керамику 0,1мкФ),
3) либо подтягивающие шины I2C резисторы не того номинала, отсутствуют или плохо припаяны (мультиметром на выключенной плате померить сопротивление между линиями SDA/SCL и +5В).
Проблема с кнопками - нужно больше информации. Их может быть две: слишком плохие кнопки (длительный дребезг), либо что-то нарушает их работу (утечки на плате, замыкания дорожек...). Это при условии, что используете плату Гайвера.